映画「ブラックセイルズ」シーズン3の第4話です(PotPlayerで日本語と英語の字幕を同時表示)。

ロジャーズは、ナッソーという町の再建のためエレノアを助言者(側近)として指定しました。詳しくは、映画をご覧ください。

ロジャーズ(男):
Then may I ask what it is that’s causing you to make that face?
なぜ浮かない顔を?

エレノア:
My appointment as your advisor.
補佐になって気が重い。

エレノア:
I understand that you don’t care
部下の反応は気にしないそうだけど、

エレノア:
what reaction your people may have to it,

ここのitは、上から2番目の場面のMy appointment as your advisor.を指しています。少し遠いので、忘れそうです。

エレノア:
but your people, I’m afraid, are only half the issue. 
問題は彼らだけじゃない。

エレノアが言いたいのは、「ロジャーズがエレノアを補佐にし、その結果、気が重い」ということです。

どうして気が重いかというと、「あなたは気にしないだろうが、部下は(私が補佐になったことを)よく思っていない」からです。これが補佐になったことに関連する問題の一つ(half the issue)です。

エレノア:
I have enemies on that island.
島には私の敵がいる。(島=ニュープロビデンス島)

補佐になったことに関連するもう一つの問題が、「島に敵がいる」ことです。

以上