addは「加える」なので、日本語の感覚では他動詞（目的語を取る）です。ところが、addには自動詞があって、「ジーニアス英和」では、次のように定義されています。
｜自｜足し算をする,加算する‖
〜 up [down] (縦に並んだ数を)上から下へ[下から上へ]足す.
さらに、 add upには上記のほか、「〔事実・証拠・行動などが〕意味をなす、納得がいく、なるほどと思える、了解できる、合点がいく、つじつまが合う」（以上、英辞郎より）などの意味があります。以下、「ジーニアス英和」と「Wordnet 2.0」のadd upの定義です。
ジーニアス英和
add up｜［自］
（1） 〈数字が〉一致する, 計算が合う；［略式］［主に否定文で］〈話などが〉つじつまが合う, 筋が通っている《◆進行形不可》
There’s something about this that doesn’t ～ up.｜これにはどこかつじつまの合わないところがある
It all ～s up now.｜それで合点がいった.
Wordnet 2.0
add up
（1～3まで省略）
4: be reasonable or logical or comprehensible [syn: make sense]
下のスクリーンショットは、映画「ZOO」からとりました（PowerDVD 16で英語日本語字幕同時表示）。
2番目のスクリーンショットの But his theories, they never quite added up. は「仮説は受け入れられず」ではなく、「つじつまが合わなかった」が正しい解釈です。理論に矛盾があり、それで「錯乱状態になった」のです（話に少々、無理がありそうですが）。theyは、his theoriesを受けています。
以上