下は、「フォーリングスカイズ」、シーズン2、ディスク2からの場面です。PowerDVD 12で、英語と日本語の両方の字幕を同時に表示しています。
…but I want you to know this has nothing to do with that.
問題は、this has nothing to do with thatのthisとthatです。直訳すると「これは、あれとは関係ない」で、「これはこれ、あれはあれ」などと訳されることが多いようです（斎藤和英大辞典）。
理論的に考えてみると、この場合のthisは「現在の事実（今のこと）」、thatは「過去の事実（以前のこと）」を表しています。つまり、this＝「自分が黙って出ていったこと（ディエゴや子供たちと生きていくことにしたから）」で、that＝「（トム＝父親に）ひどいことを言ったこと→怒っている」です。
こう考えれば、this has nothing to do with thatや、thisとthatの類似の用法は、分かりやすくなるはずです。
興味のある方は、指示代名詞thisとthatの「時間的感覚」のページもご覧ください。
以上