映画を見ていたら、仮定法過去完了の文がありました。ただし、この場合、主節が過去完了で条件節（if）が過去時制という組み合わせでした。この例はときどき見かけますが、訳が問題になります。
映画は、「インフェルノ（Inferno」（2016）です。Potplayerで英語字幕を読み込み、日本語字幕と同時表示させました。
（以下、字幕）
Would you have helped me if you knew I was a thief?
君は泥棒を助けるか？
Would you have helped me if you knew I was a thief?
この文は、本来は次が正しい（一般的）でしょう。条件節も過去完了だと複雑だから、自然と簡略化されたのでしょうか？
Would you have helped me if you had known I had been a thief/I was a thief?
したがって、次の解釈が妥当と思われます。
君は（あのとき）、ぼくが泥棒だと知っていたら助けたかい？
以上