later in September 2006は、「2006年9月の終わり」ではありません。これはよく間違えます。よくある間違いとして、ほかにmore than oneがありますが、これは「1以上」ではなく「1を超える」が正しく、間違いはだいぶんなくなりました。増分が1の場合、more than oneは「2以上」です。less thanも同様です。
以上と以下は、その数が入り、超と未満は入りません。ただ、最近、混乱している人が多いようです。
laterは、「今よりあと」です。したがって、「今よりあとの2006年9月（中）に」です。9月のいつかは分かりません。同じく、later this yearは「今年中」です。「今から今年末までのいつか」という曖昧な言い方です。this yearの前にinがないのは、this yearが副詞として機能している（または省略）からです。
laterの反対、つまり「今より前」はearlierです。
「2007年9月終わり」は、at/in the end of late September 2007です。初旬は、辞書にはat the beginning of ～とありますが、in early Septemberが適当です（1カ月を三つに分けた場合）。中旬と下旬は、in mid-September、in late Septemberが多いようです。前置詞がinなのは、カバーする領域（期間）がある程度広いからです。狭い場合は、atです（月初めや月末）。
日がないときには、Septemberと2007の間にはコンマを入れません。一方、日がある場合は、コンマが必要です。例えば、2007年9月10日は、September 10, 2007です。